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Leistungen

Das IBG-4 und die Arbeitsgruppe von Prof. B. Usadel haben mehrere Algorithmen und Software programmiert und veröffentlicht, die die Bearbeitung und Analyse von Sequenzierungen und die Auswertung und Interpretation von Sequenz- und Expressionsdaten ermöglichen und unterstützen. Weiterhin entwickelt, bearbeitet und pflegt das IBG-4 öffentliche Datenbanken.

Trimmomatic

Trimmomatic | Trimm and Preprocess NGS Data

Trimmomatic ist ein effizientes und flexibles Befehlszeilenprogramm, das eine Vielzahl von Korrekturen oder “trimming“-Aufgaben für Illumina paired-end und single-end Daten durchführt und nachgelagerte Verarbeitungsschritte erheblich verbessert.

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Mercator Ergebnis

Mercator | Classify and Annotate Plant Genomes

Die Mercator-Pipeline weist Protein- oder Nukleotidsequenzen aus Sequenzierungen automatisch Genfunktionen zu. Dabei nutzt Mercator die „BIN“-Ontologie von MapMan.

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MapMan logo

MapMan | Visualize Plant Omics data

MapMan visualisiert Daten aus Genexpressionsanalysen, hier werden Gene oder Proteine mit gemeinsamer Funktion in z.B. einen Biosyntheseweg gemeinsam dargestellt.

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PlaBiPD

PlabiPD | Genome Browser

PlaBiPD ist eine umfassende Plattform für Genome von Nutzpflanzen.

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Usadellab

The Usadel Lab

Die Internetseite mit Informationen zu Projekten von Prof. Usadel und seinen Mitarbeitern.

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